系統整合在工程學中是指將次系統的各個元件進行彙整，結合為單一系統的過程，而過程中必須確保所有次系統的功能，都能在單一系統中正常運作，像是捷運、機場的土木工程。另外，在資訊科學中，則是指將不同電腦系統與軟體程式連接在一起的過程，目的是為了讓這些功能透過一個完整的系統來實現，像是交通收費系統、零售業或製造業的整合系統等。
而根據過去到現在每個系統整合的案例，雖然差異性與複雜程度不相同，但在每個需求不一的情況下，無法直接複製開發技術，也無法事先驗證是否可行，且除了一般軟硬體的費用，還有諮詢、跨部門溝通、測試調整與教育訓練等項目，因此系統整合的控管與客製化，使得成本非常高。
硬體系統的整合通常會由硬體工程師進行印刷電路板（PCB）的設計，包含線路的繪圖與佈局，再將各種不同功能的積體電路與被動元件黏貼至電路板上，使所有的電子元件能一起運作，以達到所需的要求，打造出擁有完整功能的產品。像電腦的主機板，就是將中央處理器、北橋晶片、南橋晶片與其他好幾個不同功能的積體電路安裝在印刷電路板上，再用電腦外殼包裝起來。
軟體系統整合則是將各種不同的軟體與韌體整合，安裝至設計好的硬體系統中執行，像是電腦的作業系統就是安裝至中央處理器，再整合到硬碟、光碟機等周邊所需韌體。
最常見的例子就是智慧家庭的案例，因為這個訴求的出現，資訊電子業、網路通訊業與家電業開始進行整合，從智慧家電、遠端監控保全到現在大眾熟知的娛樂、感應溫控與電源等，雖然表面上看起來沒有很複雜，但其實要將電器及產品規格至跨行業進行標準的調整，以及銷售通路的運作，都觸及到很大範圍的跨業整合。
不只是智慧家庭，近年來汽車、交通與資訊科技的結合也蓬勃發展，相關系統與設備透過物聯網、感測技術、網路與即時運算等技術的結合，現今已不在只是採購軟硬體、搞定設備、撰寫程式與提供教育訓練這麼簡單，而是要朝向跨領域整合的思維，才能精準並正確的完成系統整合。
企業與工廠的系統整合十分重要，將各個不同的系統、子系統、軟體或數位平台，整合至一個中央控管平台，雖然串連的程序可能會繁雜，但將不同的業務進行整合後，將會取得相當大的效益，也能更有效地執行業務，並提供更多完整的數據做更有效的分析。
